行政许可与特许经营权虽然在某些情况下存在交集，但两者在法律性质、适用范围及设立目的上存在本质区别。具体区别如下：
1. **法律性质不同**
- **行政许可**是行政机关根据公民、法人或其他组织的申请，依法审查并准予其从事特定活动的法律行为，属于一种普遍性的管理手段。其核心是对特定行为的准入控制，旨在维护公共利益和社会秩序。
- **特许经营权**则通常指政府或公共机构在特定领域（如公用事业、自然资源开发等）将某项经营性活动授予特定主体，是一种具有排他性、期限性和有偿性的权利，更偏向于资源分配与市场准入的特殊安排。
2. **权利内容与范围不同**
- 行政许可一般仅赋予相对人从事某项行为的资格，不涉及资源占有或垄断地位。例如，开设餐馆需取得卫生许可，获得的是“经营资质”，并非资源控制权。
- 特许经营权则往往意味着对特定资源或服务市场的专营权，具有排他性。例如，城市公交线路经营权、污水处理特许经营等，取得者在一定区域内享有独家运营权利。
3. **设立方式与程序差异**
- 行政许可的设立依据通常为《行政许可法》，遵循公开、公平、公正的原则，一般采取申请—审查—批准的流程，程序较为规范化、标准化。
- 特许经营权多通过招标、拍卖、竞争性谈判等市场化方式授予，具有更强的程序竞争性和经济性考量，且常伴随详细的权利义务协议（如特许经营协议）。
4. **有偿与无偿性不同**
- 多数行政许可为无偿取得，只需满足法定条件即可，不涉及费用支付，仅收取必要工本费。
- 特许经营权通常需要支付高额费用或履约保证金，政府方通过有偿方式出让资源使用权，以实现公共资源的优化配置和财政收益。
5. **适用领域不同**
- 行政许可广泛适用于几乎所有需要行政监管的行业，如教育、医疗、建筑、环保、交通运输等。
- 特许经营权主要集中在涉及公共利益、资源稀缺或巨额投资的领域，如电力、燃气、供水、轨道交通、垃圾处理、采矿权等。
6. **权利期限与可转让性**
- 行政许可通常无固定期限，除非法律另有规定或被撤销、吊销。
- 特许经营权具有明确的期限限制（如20年），且其转让常受政府审批制约，不能随意变更。
**总结**：
行政许可是一种普遍性的准入制度，强调合法性与规范管理；而特许经营权则是一种特殊的资源配置方式，强调排他性、有偿性与长期性。前者侧重“允许做”，后者侧重“谁来做、怎么做的权利”。两者在实践中可能并行应用，如某企业取得供水特许经营权的同时，还需依法办理相关行政许可手续，但其本质属性和制度功能不可混淆。
（一）基础设定的来源存在差异
1、行政审批
根据《中华人民共和国行政许可法》第十二条，以下事项可以设定行政许可：
（一）涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护，以及直接关乎人身健康、生命财产安全等重要领域，确需依照法定条件进行审批的事项；
（二）对有限自然资源的开发与利用、公共资源的配置，以及涉及公共利益的特定行业市场准入，需依法授予特定权利的情形；
（三）面向公众提供服务且与公共利益密切相关的行业或职业，为确保其具备特殊信誉、特定条件或专业技能，需通过资格、资质认定的事项；
（四）对直接关系公共安全、人体健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品或物品，须依据技术标准与规范，通过检验、检测、检疫等手段予以审查确认的事项；
（五）企业或其他组织的设立，以及需要依法确认其主体资格的情形；
（六）法律、行政法规明确规定的其他可设定行政许可的事项。
第十四条 对于本法第十二条所规定的内容，法律有权设定行政许可。在法律尚未制定的情况下，行政法规可暂行设定行政许可。如确有需要，国务院可通过发布决定的形式临时设立行政许可。待该措施实施后，除属于临时性许可事项外，国务院应尽快提请全国人民代表大会及其常务委员会制定相应法律，或自行出台行政法规以予以规范。
第十五条 对于本法第十二条所规定事项，若尚未制定法律、行政法规的，地方性法规可在其权限范围内设定行政许可；在法律、行政法规及地方性法规均未制定的情况下，如因行政管理实际需要确需立即实施许可的，省、自治区、直辖市人民政府制定的规章可设定临时性行政许可。临时许可实施满一年后，如需继续执行，应当提请本级人民代表大会及其常务委员会制定相应的地方性法规予以承接。地方性法规以及省、自治区、直辖市人民政府的规章，不得设定属于国家统一确定的公民、法人或其他组织的资格、资质类行政许可；不得设定企业或其他组织的设立登记及其前置性审批事项。其所设定的行政许可，不得以任何形式限制其他地区个人或企业在本地区的生产经营活动或服务提供，也不得阻碍其他地区商品进入本地区市场。
第十六条 行政法规可在法律所规定的行政许可事项范围之内，进一步细化实施该许可的具体措施。地方性法规可在法律及行政法规已设定的行政许可事项范围内，结合本地实际情况，制定相应的实施细则。规章则应在上位法已明确的行政许可事项框架内，作出具体执行规定。无论法规还是规章，在落实上位法设定的行政许可时，均不得擅自增设新的许可项目；在细化许可条件时，也不得添加与上位法相抵触或额外增加义务的限制性要求。
第十七条 除本法第十四条、第十五条所列情形外，任何其他规范性文件均无权设立行政许可事项。
由此可见，针对法律明确允许设定行政许可的事项，仅能由法律、行政法规或地方性法规予以设立；而省、自治区、直辖市人民政府的规章仅可设定具有临时性质的行政许可。若此类临时许可实施满一年后仍需继续执行，必须提请本级人民代表大会及其常务委员会制定相应的地方性法规，以实现许可的合法延续。
2、特许经营授权
特许经营权的设立与否由地方政府根据实际情况自主决定。企业能否开展特许经营，取决于政府是否愿意将相关权利予以授权，政府在特许项目的审批与启动上拥有最终决策权。根据2015年施行的《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第九条明确规定，特许经营项目实施方案应由县级以上地方政府的行业主管部门或经授权的相关部门负责制定与提出。
换句话说，虽然地方政府有权决定是否授予特许经营权，但其并无权设定具有长期效力的行政许可事项。
（二）获取途径相异
1、行政审批
行政许可通过申请人提出申请并经法定审批程序获得，其在数量上不设上限，但审批时限受到法律严格约束。根据《行政许可法》的相关规定，行政许可是指行政机关依据公民、法人或其他组织的申请，依法对申请事项进行审查后，准予其从事特定活动的法律行为。由此可见，行政申请是获得许可不可或缺的前提条件。此外，多数行政许可并不设定总量控制，只要申请主体具备法定资质条件，且符合相关法律法规要求，即可依法取得许可。同时，《中华人民共和国行政许可法》第42条和第43条明确界定了行政机关对申请作出决定的期限，要求其必须在规定时限内完成审查并作出是否准予许可的决定，确保行政效率与程序正当性。
2、特许经营授权
特许经营权的获取实行市场化竞争机制，具有名额限制，且申请时机不设固定期限。具体而言，在项目推进过程中，并非企业主动向政府提交申请并等待批复，而是由政府主导发布拟实施的特许经营项目，公开吸引符合条件的企业参与竞投。依据《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第15条之规定，实施机构应根据项目实施方案，通过招标、竞争性谈判等公开、公平的方式择优确定特许经营者。同时，特许经营权的授予额度受到严格控制，具有明显的稀缺性。此外，尽管法规明确要求采用竞争性方式选定经营者，但对整个选择流程的时间节点与期限并无强制性规定，赋予了项目实施较大的灵活性。
（三）内容差异
1、行政许可
行政许可的设定与实施严格遵循法律、法规的明确规定，体现出高度的法定特征。其一，不依赖双方合意。行政许可基于行政相对人提出申请，由行政机关依法审查并作出决定，整个过程不涉及合同缔结或协商谈判，行政机关在审批中无权与申请人进行利益交换或妥协。其二，不具备选择性。只要申请人满足法定的资质要求和条件，行政机关必须依法予以批准，不得随意排除或附加额外限制，其决定应体现程序公正与权利保障，不存在自行裁量的空间。其三，内容具有确定性。行政许可所包含的权利范围、期限、条件及限制等要素均由法律明确界定，不得随意扩大或变更，确保行政行为的可预期性与统一性。
2、特许经营授权
特许经营权的具体内容由双方通过协议明确界定，政府必须与企业签署正式协议，以清晰划分彼此的权利与义务，这一环节成为界定特许经营权与普通行政许可之间本质区别的核心标志。无论特许经营协议在法律性质上被认定为行政合同还是民事合同，其作为契约的基本属性始终不可忽视，契约精神贯穿于协议的缔结与履行全过程。
具体来说，特许经营协议的契约性质主要体现在以下几个方面：
（1）协议形成的合意性。特许经营协议的成立以双方在平等协商基础上达成一致为前提，整个协商过程本质上是一种利益博弈与相互妥协的结果。例如，为增强招商竞争力，政府常通过提供政策便利、配套支持或财政补贴等方式吸引企业参与投标，从而在双方利益平衡中促成协议的签订。
（2）协议主体的双向选择性。在多个地区同时推出特许经营项目的情况下，企业可根据自身战略规划与资源匹配度，自由选择意向项目参与投标；与此同时，政府亦可根据企业的资质、运营能力、创新方案等因素，在众多投标主体中择优遴选，最终授予最契合项目需求的合作伙伴特许经营权。
（3）协议内容的灵活性。这一灵活性主要表现在双方可在项目收益分配与融资模式上开展充分协商。例如，《基础设施和公用事业特许经营管理办法》明确允许企业通过向终端用户收取服务费用等途径实现收益，并在必要时由政府提供可行性缺口补贴以保障项目可持续性；同时，政策鼓励企业以特许经营项目未来预期收益作为担保，开展质押融资，推动项目收益有效转化为融资还款来源，增强了项目融资的可行性和市场吸引力。
（四）成本构成差异
1、行政审批
行政许可一般不涵盖被许可人的经济收益或融资事宜，除非法律法规有特别规定，否则在许可实施过程中不得收取任何费用。
《中华人民共和国行政许可法》第五十八条 行政机关在办理行政许可事项以及对其实施后续监督检查时，原则上不得向申请人或相关主体收取任何费用。但若法律、行政法规中有明确授权允许收费的，应依照相关规定执行。同时，行政机关向申请人提供行政许可申请文书的格式样本，不得收取任何费用。行政机关开展行政许可工作所必需的经费，须纳入本单位年度预算管理，由同级财政部门依法予以保障，并严格按照批准的预算进行拨付与使用。
2、特许经营授权
特许经营权的获取通常需由地方政府依法采取公开、公正的程序征集合适的受许人。受许人往往需以直接或间接的方式承担相应费用，投入必要资金与资源，方可获得该项经营资格。
（五）未履行义务所引发的法律后果存在差异
1、行政审批
依法已取得的行政许可，若被许可人未按相关规定履行服务义务，行政机关不得仅因此而作出撤销许可的决定。
《中华人民共和国行政许可法》第六十七条 依法获得涉及公共利益密切相关行业的市场准入许可的主体，须依照国家设定的服务规范、收费标准以及行政机关依法明确的条件，向公众提供安全、便捷、持续稳定且价格合理的服务，并承担普遍性服务的责任。在未取得原作出行政许可决定的行政机关同意的情况下，不得擅自停止营业或永久歇业。若被许可人未能履行上述义务，相关行政机关应责令其在限期内整改，或采取必要措施依法推动其履行相应职责。
未提供服务本身并不构成《中华人民共和国行政许可法》第69条、第71条所列举的应当撤销行政许可的情形。因此，行政机关原则上无权仅因申请人未实际提供服务而撤销已授予的行政许可。
2、特许经营授权
获得特许经营权的企业若拒不履行协议义务，政府有权介入并接管该项目。根据2004年施行的《市政公用事业特许经营管理办法》第18条规定，当特许经营企业未经许可擅自停业或歇业，且该行为已对公共利益和公共安全造成重大影响时，相关主管部门有权依法终止特许经营协议，撤销其特许经营资格，并可采取临时接管措施，以保障公共服务的连续性和社会秩序的稳定。
（六）转让条件存在差异
1、行政审批
根据《中华人民共和国行政许可法》第九条的规定，已经合法取得的行政许可，除非法律或法规明确允许在符合特定条件和法定程序的前提下进行转让，否则不得擅自转让。
第八十条 若被许可人存在以下行为之一，行政机关应依法予以行政处罚；如构成犯罪，将依法追究刑事责任：（一）擅自涂改、非法买卖、租赁、出借行政许可证件，或通过其他手段实施非法转让行政许可的行为。
2、特许经营授权
在满足特定条件并获得授权方批准的前提下，特许经营权可依法进行转让。
涉及特许经营权的企业如需变更名称、经营地址或法定代表人，须事先以书面形式向主管机关报备，并取得其正式批准后方可实施。
